De begeleiding neemt op de Lindenborg een belangrijke plaats in. Leerlingen worden begeleid door de docent en hun mentor. De docent zal de leerling zoveel mogelijk begeleiden bij het leren leren en het leren kiezen. Het gaat dan om de vakken. De mentor helpt bij persoonlijke onderwerpen. De mentor is voor de leerling en hun ouders het aanspreekpunt. Hij of zij let erop of het goed met de leerling gaat, dat hij of zij zich goed voelt en goed presteert.