De begeleiding neemt op de Nijeborg een belangrijke plaats in. Leerlingen worden begeleid door de docent en hun mentor. De docent zal de leerlingen zoveel mogelijk begeleiden bij het leren leren en het leren kiezen. Het gaat dan om de vakken. Hun mentor zal helpen bij persoonlijke onderwerpen. De mentor is voor de leerling en de ouders het aanspreekpunt. Hij of zij let erop of het goed gaat, de leerling zich goed voelt en goed presteert.